L'IFCT est une association à but non lucratif, régie par la loi 1901, qui a ratifié la Charte d’indépendance des Groupes Coopérateurs en Oncologie.

Le financement des études de l'IFCT est réalisé grâce à des de fonds publics (Crédit Impôt Recherche, Institut National du Cancer Programme hospitalier de recherche clinique [PHRC]) ou caritatifs, notamment de la Ligue nationale contre le cancer, et, d’autre part, par des contrats de partenariat avec l’industrie pharmaceutique.

L'IFCT ayant un statut d’association à but non lucratif, le reliquat de budget d’une étude peut être réinvesti pour un autre projet au financement insuffisant. Des projets peuvent également être menés sur les fonds propres. Les comptes sont préparés par un cabinet d’expert-comptable et soumis annuellement à l’approbation de l’Assemblée générale après certification du Commissaire aux comptes.

Les membres de l'IFCT sont tous volontaires et mènent leurs activités au sein de l’association à titre bénévole. Pour préserver l’indépendance du groupe coopérateur, l’adhésion est réservée aux professionnels qui répondent aux missions de l’association et n’exercent pas leur activité principale dans le secteur industriel.

En fin d’année civile, chaque membre du Conseil d'administration et du Conseil scientifique de l'IFCT s’engage à déclarer sur l’honneur au Président du Conseil d'administration, d’éventuelles participations à des  « advisory boards » de l’industrie pharmaceutique, pour des prestations effectuées pour l’Industrie (en dehors de la rémunération d’observations clinique dans le cadre d’essais thérapeutiques-Loi Jardé).